Przy wyborze swoich stypendystów Watykańska Fundacja Jana Pawła II współdziała bardzo ściśle z odradzającym się Kościołem na Wschodzie. Młodzież, która trafia do Fundacji jest kierowana przez księży proboszczów i posiada rekomendacje od swoich księży biskupów.

W ostatnich latach zgłasza się corocznie około 70 osób, pragnących studiować jako stypendyści Fundacji na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Z tej grupy Komisja stypendialna wybiera ok. 30 osób, które zostają zaproszone na kurs kwalifikacyjny przed rozpoczęciem studiów.

Celem kursu jest ogólne przygotowanie przyszłych stypendystów do podjęcia studiów, poprzez umożliwienie im zapoznania się z polskim słownictwem naukowym, umiejętność sporządzania notatek, streszczeń czy pisania recenzji. Kurs pozwala także na integrację z nowym środowiskiem i umożliwia lepsze poznanie się przyszłych studentów między sobą.

Zajęcia kończą się egzaminem i w zależności od jego wyników, podejmowana jest ostateczna decyzja o przyznaniu stypendium wybranym kandydatom.