Przy wyborze swoich stypendystów Fundacja Jana Pawła II współdziała bardzo ściśle z odradzającym się Kościołem na Wschodzie. Młodzież, która trafia do Fundacji jest kierowana przez księży proboszczów i posiada rekomendacje od swoich księży biskupów.

W ostatnich latach zgłasza się corocznie około 80 osób, pragnących studiować jako stypendyści Fundacji na KUL-u. Z tej grupy Komisja stypendialna wybiera ok. 30 osób, które kieruje na kurs przygotowawczo-kwalifikacyjny. Trwa on cztery tygodnie, a zajęcia, prowadzone przez pracowników KUL i Politechniki Lubelskiej, obejmują: język polski, przedmiot kierunkowy w zależności od kierunku studiów (matematyka, biologia, wprowadzenie do filozofii, historia, literatura polska) i język angielski. Celem kursu jest ogólne przygotowanie przyszłych stypendystów do podjęcia studiów, poprzez umożliwienie im zapoznania się z polskim słownictwem naukowym, naukę sporządzania notatek, streszczeń czy pisania recenzji. Kurs pozwala także na integrację z nowym środowiskiem i umożliwia lepsze poznanie się przyszłych studentów między sobą. Zajęcia kończą się egzaminem i w zależności od jego wyników, podejmowana jest ostateczna decyzja o przyznaniu stypendium Fundacji Jana Pawła II.