Idea powołania do życia Fundacji zrodziła się w sercu Ojca św. Jana Pawła II na początku Jego Pontyfikatu. „Papież z dalekiego kraju” powołany przez Bożą Opatrzność na Stolicę Piotrową bolał, że cały dorobek kultury i nauki Wschodu jest nieznany na Zachodzie. Ojciec św. był przekonany, że na bazie teologii, historii i kultury należy stworzyć konkretny pomost współpracy między Europą Środkowo-Wschodnią a Zachodem.

Szczególnie ważnym obszarem tego zbliżenia było otwarcie się na licznych pielgrzymów, przybywających do Wiecznego Miasta, głównie z Polski, i objęcie ich duszpasterską opieką. Pojawiła się więc konieczność stworzenia instytucji, która koordynowałby te inicjatywy.

I tak, 16 października 1981 roku, Ojciec św. Jan Paweł II powołał do istnienia Watykańską Fundację, której osobiście patronował. Na poziomie hierarchicznym Ojciec św. zlecił koordynację prac Fundacji Kardynałowi Władysławowi Rubinowi, który w tym czasie pełnił funkcję prefekta Kongregacji ds. Kościołów Wschodnich.