Św. Jan Paweł II, podczas uroczystego spotkania z pracownikami i dobroczyńcami Fundacji, z okazji 25-lecia Pontyfikatu, jej program stypendialny określił jako „najbardziej cenne dzieło Fundacji”.

Wraz z intensywnym rozwojem tego programu, pojawiła się pilna potrzeba zbudowania Domu, w którym mogliby mieszkać stypendyści. Pozwolenie na budowę Domu w Lublinie otrzymano w 1992 roku. W maju tego samego roku rozpoczęto prace budowlane, które w podstawowym zakresie ukończono we wrześniu roku 1993. Przez kolejny rok trwały prace wykończeniowe i adaptacyjne. Uroczyste poświęcenie i otwarcie Domu miało miejsce 13 października 1994 roku. Dokonał tego ks. abp Szczepan Wesoły, ówczesny  Przewodniczący Rady Administracyjnej Fundacji

Dom w Lublinie został zbudowany dzięki ogromnej pomocy finansowej Fundacji Connelly z Filadelfii i zaangażowaniu polonii amerykańskiej.

W Domu Fundacji w Lublinie znajduje się kaplica, biuro dyrektora i sekretariat, aula oraz pokoje, w których mieszkają stypendyści.

Od początku istnienia Domem kierują księża Sercanie. Pierwszym jego dyrektorem był ks. prof. M. Radwan. Współpraca Fundacji Jana Pawła II i prowincji polskiej księży sercanów przybrała formalne kształty w 1995 roku, kiedy podpisano stosowną umowę na prowadzenie Domu Fundacji w Lublinie i kierowanie programem stypendialnym. Nowym dyrektorem został wówczas ks. Ryszard Krupa, który nieprzerwanie pełnił tę funkcję do roku 2013. Jego współpracownikami byli: ks. Marek Romańczyk (1999-2002), ks. Paweł Krok (2002-2004) i ks. Włodzimierz Płatek (2006-2012). Od 1 stycznia 2013 roku funkcję dyrektora Domu pełni ks. Jan Strzałka. Jego współpracownikiem w latach 2012-2016 był ks. Franciszek Wielgut, a obecnie jego zastępcą jest ks. Robert Ptak.